El triunfo electoral republicano en las principales capitales españolas, en abril de 1931, puso punto final al gobierno de Alfonso XIII y dio paso a la Segunda República. En Álava, aunque los republicanos se hicieron con el control del Ayuntamiento de Vitoria y de la Gestora Provincial o Diputación, la provincia siguió siendo políticamente conservadora y de derechas.

Por lo que respecta a los miñones, con el cambio de Administración se paralizaron diversos proyectos. Básicamente, siguieron desempeñando sus funciones de carácter tributario, administrativo y estadístico. En 1933, con motivo de la apertura de sucursales de la Caja Provincial de Ahorros, el Cuerpo se hizo cargo de su cuidado. En julio de 1936, una parte del Ejército se sublevó. Como resultado del fracaso del alzamiento, España se vio sumida en una horrible guerra civil. Vizcaya y Guipúzcoa permanecieron al lado de la República. En cambio, Álava, con la excepción de algunas zonas como el Valle de Ayala, fue territorio de los sublevados.
Durante la contienda, las funciones de los miñones, exentos de incorporarse a filas, incluyeron la custodia de edificios como la cárcel, la Electra y el Palacio de la Provincia, la recaudación de las tributaciones provinciales, la gestión de las sucursales de la Caja Provincial y la realización de funciones de protocolo.

Tras la victoria franquista en 1939 y a pesar de no tomar parte activa en cuestiones políticas, el Cuerpo fue sometido a un proceso de depuraciones y exámenes con el fin de saber cuál era el grado de compromiso ideológico de algunos de sus miembros con el nuevo régimen.