En diciembre de 1872, diversas partidas carlistas se alzaron en las provincias vascas. Pese a contar muchas de ellas con escasos medios, pocos meses después habían conseguido controlar la zona rural y amenazar las principales plazas liberales, entre ellas las tres capitales vascas.

Al igual que en 1833, el Cuerpo de Miñones permaneció fiel a la Diputación y colaboró con las tropas gubernamentales en calidad de guías llegando, en algunas ocasiones, a participar en acciones contra columnas enemigas. Durante la guerra, varias familias de miñones que vivían en el campo fueron objeto de presiones por parte de los carlistas. A tal efecto, desde Diputación se adoptaron medidas para evitarlas como, por ejemplo, indemnizaciones o permisos de refugio en Vitoria.

Con la victoria liberal en Zumelzu en julio de 1875, el frente alavés quedó roto. A lo largo de las siguientes semanas, el ejército carlista fue desmoronándose. En febrero de 1876, la guerra prácticamente había acabado. El número de bajas de miñones durante el conflicto fueron mínimas, en comparación con las sufridas por los miqueletes vizcaínos y guipuzcoanos que eran más numerosos y actuaron más como fuerza de choque. No obstante, varios miñones fueron condecorados por los servicios prestados durante la contienda.