Aunque en septiembre de 1839 la guerra había acabado en el norte peninsular, la labor de la policía foral alavesa –nuevamente denominada, desde 1840, Cuerpo de Miñones de Álava- continuó ante la alta inseguridad pública.

La resistencia de la Diputación a ceder el control sobre los miñones provocó varias fricciones con las  autoridades militares y el Gobierno. Argumentando un conocimiento del territorio, una estrecha relación con la población y una financiación a cargo de la Provincia, la Diputación alavesa siempre presentó a su policía como el mejor instrumento para prevenir sublevaciones carlistas y mantener el orden público. Esta visión idílica contrastaba con la que tenían las clases populares, caracterizada por la escasa efectividad, el trato rudo con la población y el alto coste del cuerpo. Las competencias de los miñones siguieron siendo muy amplias. Entre ellas, el mantenimiento del orden público, la detención de delincuentes, el envío de comunicaciones, la conducción de presos y caudales, la vigilancia de edificios públicos, la prestación de guías para el Ejército, el cobro de contribuciones adeudadas por las hermandades, la escolta a autoridades, el control de juegos ilegales, documentación y eventos públicos, etc.. Todo ello no impidió que, desde 1845, se instalasen destacamentos de la Guardia Civil la cual, con el paso del tiempo, fue adquiriendo mayor protagonismo en la lucha contra la delincuencia, en detrimento del cuerpo foral.

Durante el período de entreguerras, el Cuerpo de Miñones sufriría diversas disoluciones, reinstauraciones y reducciones de plantilla a causa de los problemas de financiación y de los conflictos con las autoridades militares y gubernamentales.